تقدم جامعة الملك سعود بن عبدالعزيز للعلوم الصحية ست ​برامج للماجستير هي:

 قسم التعليم الطبي تحت مظلة كلية الطب يعد أقدم و أكبر قسم من نوعه في المملكة. أول برنامج ماجستير للتعليم الطبي في المملكة قدم عن طريق الكلية تحت مظلة الجامعة. بدأ برنامج الماجستير في التعليم الطبي أثناء العام الدراسي 2006\2007 بالدفعة الأولى و المكونة من عشرون طالب, أستمر منذ ذلك الوقت بقبول نفس العدد من الطلاب في كل عام دراسي. البرنامج يقدم في الفروع الثلاثة للجامعة, أساسا في الرياض و منقول عن طريق شبكة التعليم الإلكتروني لكل من فروع الجامعة في الأحساء و جدة. البرنامج يمنح الطلاب فرص أن يصبحوا قياديين تعليمين في مجال تخصصهم الطبي و يعزز مهاراة التعليم للمارسسين الصحين في ذات المجال. البرنامج يستقبل الممارسين الصحيين في تخصصات الطب, طب الأسنان, الصيدلة, التمريض و تخصصات أخرى عديدة. البرنامج يجهز الطلاب كي يقدموا خدمات ذات جودة عالية في في مجالات متعددة من ضمنها القيادة التعليمية, التدريس,تقييم البرامج التعليمية, تقييم الطلاب, البحث في مجال التعليم الطبي و التطوير المستمر للممارسين الصحيين.  البرنامج مصمم ليشمل جميع مجالات التعليم الطبي من خلال دورات متتابعة تقدم على مدار ثلاثة فصول دراسية. الفصل الدراسي الأخير من البرنامج مخصص لمشروع بحث التخرج. و قد تخرج في البرنامج إلى الآن 9 دفعات و لله الحمد العديد من خريجين البرنامج تقلدوا مناصب قيادية في مجال التعليم الطبي بالمملكة.

يسعى برنامج ماجستير المعلوماتية الصحية إلى بناء كوادر وطنية مؤهلة في مجال المعلوماتية الصحية وما يتضمنه ذلك من تصميم و تطوير وإدارة نظم المعلوماتية الصحية وإعطاء الاستشارات الإدارية والتقنية لمؤسسات القطاع الصحي. لذا فإن إيجاد خرجيين على درجة عالية من المهارة والمعرفة الفنية والمهنية والإدارية لنظم المعلومات الصحية يساهم في سد الإحتياج المتزايد للكفاءات المتخصصة في مجال تقنية المعلومات الصحية. تم تصميم برنامج الماجستير بالتعاون مع أحد أهم الجامعة الرائدة في مجال المعلوماتية الصحية-ـ جامعة إلينوي-ـ شيكاغو بالولايات المتحدة الإمريكية ـ ويضم البرنامج الذي يعتبر أول برنامج متخصص في تقنية المعلومات الصحية في المملكة العربية السعودية نخبة من أعضاء هيئة التدريس الحاصلين على درجة الدكتوراه من جامعات عالمية مرموقة في مجالي المعلوماتية الصحية والحاسب الآلي. لذا فإن البرنامج يكتسب أهمية متزايدة في ظل رغبة المنشاْت الصحية الحكومية والخاصة لتقديم رعاية صحية ذات كفاءة وجودة عالية وكذلك لمواكبة رؤية المملكة العربية السعودية الرائدة لعام  ٢٠٣٠.
 يهدف البرنامج إلى إعداد كوادر وطنية عالية التأهيل في مجال تصميم و تطوير و تطبيق إدارة الأنظمة الصحية والجودة الصحية، إضافة إلى إعطاء الاستشارات الإدارية والتقنية لمؤسسات القطاع الصحي، وإيجاد مؤهلين على درجة عالية من المهارة والمعرفة الإدارية و التطبيقات الحديثة للأنظمة والجودة الصحية لتولي الوظائف الإشرافية والقيادية في هذه المؤسسات. هذا بالإضافة إلى نقل وتوطين المعرفة والتقنية الإدارية للأنظمة والجودة الصحية محليا. ويسهم خريجو هذا البرنامج في تطوير وتطبيق إدارة الأنظمة الصحية والجودة الصحية في المستشفيات والمراكز الصحية وحل المشاكل التي قد تعيق تطبيق إدارة الأنظمة الصحية والجودة الصحية والاستفادة منها. يتكون البرنامج من 13 مقرر دراسي يليه مشروع بحث التخرج. يدرس الطالب مالايقل عن 4 فصول دراسية ويلزم بإنهاء دراسة البرنامج في فترة لا تتجاوز 4 سنوات من تاريخ التسجيل. يحوي هذا البرنامج المعتمد على مقررات تعادل 42 ساعة معتمدة مقسمة كالآتي: 6 مقررات أساسية تقدمها الكلية ضمن البرنامج الموحد و7 مقررات الزامية يقدمها القسم بحيث يصبح المجموع 39 ساعة معتمدة يليها مشروع بحث التخرج بـ 3 ساعات معتمدة.

 تنطلق رسالة برنامج الماجستير في الوبائيات والإحصاء الطبي من أهمية بناء كوادر وطنية عالية التأهيل في مجال تصميم و تطوير لأساليب علم الوبائيات والإحصاء الطبي، إضافة إلى إعطاء الاستشارات الإدارية والتقنية لمؤسسات القطاع الصحي، وإيجاد مؤهلين على درجة عالية من المهارة والمعرفة الإدارية والتطبيقات الحديثة لأساليب الوبائيات والإحصاء الطبي لتولي الوظائف الإشرافية و القيادية في هذه المؤسسات.  هذا بالإضافة إلى نقل وتوطين المعرفة والتقنية الإدارية لأساليب الوبائيات والإحصاء الطبي محليا.ويسهم خريجو هذا البرنامج في تطوير وتطبيق أساسيات الوبائيات والإحصاء الطبي في المستشفيات والمراكز الصحية والمجتمع وحل المشاكل التي قد تعيق تطبيق أساسيات الوبائيات والإحصاء الطبي والاستفادة منها.  تعتمد الدراسة للماجستير على مسار المقررات الدراسية والرسالة بالتعاون مع جامعة ليفربول ببريطانيا، ويقضي الطالب أربعة فصول دراسية على الأقل. وتبلغ عدد الوحدات الدراسية ثلاثين وحدة من مقررات الدراسات العليا مضافا إليها ست وحدات للرسالة ليكون المجموع العام للخطة الدراسية ستة و ثلاثين وحدة.

 تنطلق رسالة برنامج الماجستير في الصحة العامة من أهمية بناء كوادر وطنية عالية التأهيل في مجال تصميم و تطوير و تطبيق لأساليب الصحة العامة، إضافة إلى إعطاء الاستشارات الإدارية والتقنية لمؤسسات القطاع الصحي، وإيجاد مؤهلين على درجة عالية من المهارة والمعرفة الإدارية و التطبيقات الحديثة لأساليب الصحة العامة لتولي الوظائف الإشرافية و القيادية في هذه المؤسسات.هذا بالإضافة إلى نقل وتوطين المعرفة والتقنية الإدارية لأساليب الصحة العامة محليا. تعتمد الدراسة في البرنامج على مسار المقررات الدراسية والرسالة بالتعاون مع جامعة ليفربول ببريطانيا، ويقضي الطالب أربعة فصول دراسية على الأقل. وتبلغ عدد الوحدات الدراسية ثلاثين وحدة من مقررات الدراسات العليا مضافا إليها ست وحدات للرسالة ليكون المجموع العام للخطة الدراسية ستة و ثلاثين وحدة.

يؤهل برنامج ماجستير علوم التمريض تخصص قبالة الخريجة للقيام بتوفير الرعاية الآمنة للنساء؛ ويشمل ذلك: الرعاية قبل وأثناء الحمل والولادة، وفترة مابعد الولادة والمساعدة في تنظيم الأسرة، وتقديم الإستشارات والرعاية الصحية النسائية. مدة البرنامج أربعة فصول دراسية (54 ساعة معتمدة) ومجالات العمل لخريجات البرنامج تشمل المستشفيات، ومراكز الرعاية الأولية، وكذلك العمل الأكاديمي بدرجة محاضر.